Dnia 22 grudnia 1570 roku w kolegium Pułtuskim ks. Jakub Wujek obronił tezy doktorskie z teologii i otrzymał promocję na doktora teologii. Było to jakby podsumowaniem edukacji, którą rozpoczął w rodzinnym Wągrowcu, a po 20 latach solidnej nauki, zwieńczył w Pułtusku uzyskaniem tytułu doktorskiego.
W czerwcu 1571 roku otwarto nowe kolegium jezuickie w Poznaniu, a funkcję superiora powierzono ks. Jakubowi Wujkowi. Powodzenie i rozkwit nowej placówki jezuickiej w Poznaniu wiązano z bliskością rodzinnego miasta ks. Jakuba Wujka. Władze Towarzystwa Jezusowego liczyły na wsparcie Ojców Cystersów, którzy z sukcesem rozwijali miasto Wągrowiec oraz prowadzili prężną działalność szkolną, wychowawczą i duszpasterską, a sam ks. Jakub Wujek utrzymywał bliskie kontakty z opactwem i rodzinnym miastem. W czasie swego pobytu w Poznaniu, ks. Jakub Wujek często przybywał do rodzinnego Wagrowca, m.in. w lipcu 1571 roku wraz z kilkoma współbraćmi głosił kazania w kościołach wągrowieckich, a w styczniu 1572 roku udał się do opata cystersów z prośbą o finansowe wsparcie dla kolegium jezuickiego w Poznaniu.

 

Dnia 25 czerwca 1573 roku przy kościele św. Marii Magdaleny w Poznaniu Towarzystwo Jezusowe otwarło szkołę, której pierwszym rektorem, 8 września 1573 roku został ks. Jakub Wujek. Jezuici otrzymali także w posiadanie kościół pw. św. Stanisława, który wzbogacili relikwiami „z orszaku św. Urszuli” z opactwa cysterskiego w Wągrowcu. Relikwie na ręce ks. Jakuba Wujka przekazał opat wągrowiecki, ojciec Andrzej Gozdawa Dzierżanowski OCist. Relikwie św. Urszuli z klasztoru ojców cystersów z Wagrowca przebywały w kościele św. Stanisława do ok. 1686 roku, a następnie zostały przeniesione do fary poznańskiej, która stała się głównym kościołem jezuickim w stolicy Wielkopolski.

 

Pod koniec 1574 roku ponownie odnotowano podróż ks. Jakuba Wujka do swego rodzinnego miasta i przebywanie w opactwie cysterskim w Wągrowcu.
Na początku 1578 roku ks. Jakub Wujek otrzymał nominację na rektora kolegium jezuickiego we Wilnie i w maju tego samego roku opuszcza Poznań. Kolegium wileńskie istniało już od 1570 roku i prowadziło edukację w zakresie gramatyki, humanistyki i retoryki. W czasie urzędowania jako rektora w kolegium przez ks. Jakuba Wujka, król Stefan Batory aktem z 7 lipca 1578 roku podniósł kolegium Towarzystwa Jezusowego do rangi Akademii Wileńskiej.

 

W sierpniu 1579 roku ks. Jakub Wujek udał się jako misjonarz i kaznodzieja do Siedmiogrodu. Natomiast już w maju 1581 roku otworzył pierwsze kolegium i został jego rektorem. Funkcję tę pełnił do stycznia 1584 roku, a w marcu 1584 udał się na odpoczynek do Jarosławia. W czasie pobytu w Jarosławiu pracował nad róznymi publikacjami w dziedzinie teologii i egzegezy Pisma Św. W maju 1584 roku ks. Jakub Wujek brał udział w kongregacji Towarzystwa Jezusowego w Kaliszu. To podczas tej kongregacji zakonnej w Kaliszu powstała idea i uchwalono potrzebę przygotowania katolickiego przekładu Biblii na język polski. Na przełomie lipca i sierpnia 1584 roku udał się do Lwowa, gdzie wygłaszał kazania w tamtejszej katedrze. Koniec 1584 roku spędził w Rzymie, gdzie uzyskał oficjalne pozwolenie na przetłumaczenie Pisma Św. na język polski.