Sumienie to także rodzaj niepisanego, wewnętrznego prawa o niższym znaczeniu, różniącego się od tego, które istnieje w wierzącym przez łaskę, ale nie pozostającego z nim w sprzeczności, ponieważ pochodzi od tego samego Ducha. Kto posiada jedynie „niższe” prawo, ale jest mu posłuszny, pozostaje bliżej Ducha od człowieka posiadającego prawo wyższe otrzymane na chrzcie, z którym nie żyje w zgodzie.
 
Dla wierzących wewnętrzne kierownictwo sumienia jest rozwinięciem i uszlachetnieniem namaszczenia, „które jest prawdziwe, a nie fałszywe” i „poucza o wszystkim”, dlatego prowadzi w sposób nieomylny, jeśli tylko się go słucha. Komentując właśnie ten fragment I Listu św. Jana, św. Augustyn sformułował doktrynę o Duchu Świętym jako „mistrzu wewnętrznym”. Co znaczą, zapytuje, słowa: „nie potrzebujecie, żeby ktoś was pouczał”? Czy chrześcijanin sam z siebie wie już wszystko i nie potrzebuje czytać, radzić się i nikogo słuchać? Trzeba słuchać nauczycieli i kaznodziejów, ale jedynie ten zrozumie i skorzysta z tego, co oni mówią, do którego w jego wnętrzu przemawia Duch Święty. Takie jest znaczenie tych słów, ponieważ wielu słucha przepowiadania i nauczania, ale nie wszyscy rozumieją je w ten sam sposób.
 
W wewnętrznym i osobowym środowisku sumienia Duch Święty poucza nas poprzez „dobre natchnienia” czy też „wewnętrzne oświecenia”, których każdy w jakimś stopniu doświadczył w swoim życiu. Są to poruszenia serca, których nie można wyjaśnić w sposób naturalny, gdyż często idą w przeciwnym kierunku, niż chciałaby tego nasza natura. Skłaniają one do pójścia za dobrem i do ucieczki przed złem.
 
Opierając się na wymiarze moralnym osoby, niektórzy wybitni naukowcy i współcześni biolodzy zdołali przezwyciężyć teorię, która uważa byt ludzki za przypadkowy rezultat selekcji gatunku. Jeśli ewolucją rządzi jedynie prawo przeżycia najsilniejszego, jak wyjaśnić niewątpliwe akty czystego altruizmu czy nawet ofiary z samego siebie ze względu na prawdę czy sprawiedliwość?

Duch prowadzi poprzez nauczanie Kościoła

Wewnętrzne świadectwo Ducha Świętego musi pozostawać w związku z zewnętrznym, widzialnym i obiektywnym, którym jest nauczanie apostolskie. W Apokalipsie, na zakończenie każdego z siedmiu listów, słyszymy upomnienie: „Kto ma uszy, niech słucha, co Duch mówi do Kościołów”.
 
Duch mówi także do kościołów i wspólnot, nie tylko do jednostek. Święty Piotr w Dziejach Apostolskich łączy obydwa świadectwa Ducha Świętego – wewnętrzne i zewnętrzne, osobiste i publiczne. Kiedy tylko skończył mówić do tłumów o Chrystusie wydanym na śmierć i zmartwychwstałym, wszyscy czuli się „skruszeni” i „wstrząśnięci”; natomiast kiedy wygłosił te same słowa wobec zwierzchników Sanhedrynu, ci wpadli we wściekłość. To samo przemówienie, ten sam przepowiadający, a skutek całkowicie odmienny. Dlaczego? Wyjaśnienie znajduje się w słowach, które Apostoł wypowiada w innej sytuacji: „Dajemy temu świadectwo my właśnie i Duch Święty, którego Bóg udzielił wszystkim, którzy są Mu posłuszni”.
 
Dwa świadectwa muszą się zjednoczyć, aby mogła się zrodzić wiara: świadectwo apostołów głoszących słowo i świadectwo Ducha, który pozwala je przyjąć. Ta sama myśl została wyrażona w Ewangelii św. Jana, gdy Jezus mówi o Pocieszycielu: „On będzie świadczył o Mnie i wy także powinniście dawać świadectwo o Mnie”.
 
Jednakowo fatalnie jest zabiegać jedynie o jeden lub o drugi rodzaj kierownictwa Ducha. Kiedy pomija się świadectwo wewnętrzne, łatwo popaść w jurydyczność i autorytaryzm; kiedy znów zaniedbuje się zewnętrzne świadectwo apostolskie, grozi nam subiektywizm i fanatyzm.